Muppen64 sam w sobie jest mało zjadliwy dla przeciętnego użytkownika - wymaga on przedarcie się przez parametry linii komend, stąd też takie modyfikację emulatora jak CuteMuppen, czy też nowa nakładka Milana Nikolic - M64py, który wzbogaca program o typowy okienkowy sposób wyboru parametru dla rdzenia aplikacji. Niestety przynajmniej ta wersja, jak i ostatnia, wybitnie nie chce współpracować z moim systemem.